No Núcleo Perequê, ao norte da ilha, os visitantes desfrutam de uma paisagem única: É possível avistar botos-cinza (Sotalia guianensis) ao longo de toda a praia do Itacuruçá/Pereirinha, realizar roteiros monitorados de caiaque e stand-up paddle no rio Perequê e percorrer trilhas de variados níveis de dificuldade. Nas trilhas, o visitante pode apreciar a vegetação característica do bioma Mata Atlântica, como bromélias e orquídeas, e até espécies da fauna, como o lagarto teiú, o cachorro do mato e aves, como gaivotas e trinta-réis. Há uma trilha suspensa de 600 metros sobre área de manguezal, com destaque para a observação de caranguejos, ostras, garças e as espécies vegetais do ecossistema e também um mirante, voltado para a baía de Trapandé, equipado como um telescópio turístico. No Núcleo Perequê, houve um esforço de se trabalhar em conjunto com a comunidade local e muitos moradores se tornaram monitores ambientais (o mesmo ocorre também no Núcleo Marujá), que se organizaram para a recepção de turistas e grupos escolares que frequentam o Parque nos períodos letivos do ano. No seu centro de visitantes, há uma exposição permanente de ossadas de animais marinhos e animais taxidermizados.

Agendamento prévio: Indicado. Especialmente para grupos organizados, excursões e em períodos de alta temporada.