O Núcleo Itinguçu, localizado a 18 km de Peruíbe, possui área de 994 hectares, no perímetro do município de Iguape, com acesso por Peruíbe. Semelhante ao Núcleo Arpoador, o Itinguçu tem origem na Estação Ecológica Jureia-Itatins migrando para o Parque após a criação do Mosaico da Jureia-Itatins. O principal atrativo da região é a Cachoeira do Paraíso, formada pelo rio Itinguçu, que apresenta degrau de 17 metros com inclinação de 60 graus, sendo um afloramento gnáissico erodido em uma altitude de 35 metros acima do nível do mar, com várias piscinas naturais e uma trilha de aproximadamente 500 metros. No núcleo, são desenvolvidas ainda atividades de educação ambiental com grupos de instituições de ensino público e particular, de todos os níveis, bem como eventos e cursos, mediante agendamento prévio. O núcleo recebe visitantes em geral, sem necessidade de agendamento, para contemplação e lazer em roteiros, como os que incluem a Trilha do Itinguçu e o Viveiro de Mudas de Espécies Nativas.