A APA Ibitinga se destaca pelas áreas alagadas, conhecidas como “Pantaninho” (várzea do rio Jacaré-Pepira) e “Varjão” (várzea do rio Jacaré-Guaçu), onde existem importantes remanescentes de vegetação em estágio avançado de regeneração. São várias formações florestais como floresta estacional semidecidual, floresta de brejo ou paludosa, floresta ou mata ciliar e manchas de cerrado, vegetação de porte médio com troncos grossos e tortuosos como barbatimão, ipê-amarelo-do-cerrado ou angico-do-cerrado. São encontradas muitas espécies nativas da fauna. Mamíferos como lobo-guará, gato-do-mato, veado-mateiro, onça-parda, tamanduás mirim e bandeira, macaco-prego, mão-pelada, ema e anta foram apontados na região. Sem esquecer das grandes sucuris, “rainhas” dos rios da APA, das espécies de abelhas, das aves como biguás, tuiuiús, cabeças-secas, colhereiros, martins-pescadores, patos selvagens, além do espada-azul e o mandi-serrote, espécies de peixes apenas encontradas no reservatório de Ibitinga.