Criada em 2002, está localizada na porção norte do município de São José dos Campos, mais especificamente no distrito que dá o nome à APA, São Francisco Xavier, no limite entre os estados de São Paulo e Minas Gerais. Faz parte do maciço montanhoso da Serra da Mantiqueira, que corresponde a um conjunto de elevadas escarpas festonadas e sulcadas e morros mais ou menos isolados que terminam no vale do rio Paraíba. Entre os pontos mais altos, estão o Pico do Selado, com 2.082 m de altitude, e a Pedra Vermelha, com 1.816 m. A cobertura vegetal da região é formada pela Floresta Ombrófila Densa e campos de altitude, capoeiras e capoeirões. Essa diversidade de ambientes permite a presença de muitas espécies de mamíferos, destacando-se o mono-carvoeiro, também chamado de muriqui-do-sul, o maior primata da América do Sul, o bugio, o gato-do-mato, o veado-mateiro, a onça parda e o lobo-guará. Foram registradas mais de 200 espécies de aves na região, algumas vulneráveis como o papa-moscas-estrela.