A APA Sistema Cantareira foi criada em 1998 e abrange os municípios de Mairiporã, Atibaia, Nazaré Paulista, Piracaia, Joanópolis, Vargem e Bragança Paulista. Os atributos ambientais protegidos pela APA são os mananciais hídricos de abastecimento público, em especial, os que drenam para os reservatórios hídricos de Jaguari, Jacareí, Cachoeira, Atibainha e Paiva Castro. Também possui como atributos as cachoeiras, como a Cachoeira dos Pretos, e os promontórios, como a Pedra Grande, em Atibaia, e Pedra Bela, no município de mesmo nome. Sua área é bastante urbanizada, parcialmente, localizada na região metropolitana de São Paulo, tendo Atibaia e Bragança Paulista como as cidades mais urbanizadas. A delimitação da APA se superpõe às APAs Piracicaba/Juqueri-Mirim - Área II e Represa Bairro da Usina, reforçando a proteção aos recursos hídricos da região, particularmente as áreas que formam a bacia do Sistema Cantareira, um dos principais responsáveis pelo abastecimento da região metropolitana.