Localizada integralmente no Município de São Sebastião, Área de Relevante Interesse Ecológico São Sebastião foi criada, em 2008, conjuntamente com a APA Marinha Litoral Norte. Ela abrange ambientes diversos como praias, costões rochosos, mata atlântica e formações insulares. Foi documentada, em sua área, a ocorrência de 42 espécies da avifauna, 23 correspondendo a aves aquáticas, que habitam ambientes estuarinos, oito comumente encontradas em ambientes costeiros; duas oceânicas, sete limícolas (que buscam alimentos especialmente em lagunas costeiras e estuários) e duas terrestres com hábitos especializados em manguezais e restingas. Trinta e duas espécies são consideradas residentes no país e dez são migratórias, vindas do Hemisfério Norte. Em termos de diversidade, a região que compreende a ARIE é também utilizada pelas cinco espécies de tartarugas marinhas, que ocorrem no litoral brasileiro, em especial, a tartaruga-verde (Chelonia mydas), o que revela a importância de sua preservação para a manutenção desses animais ameaçados de extinção.