A Estação Ecológica de Avaré foi criada com o objetivo precípuo de preservar os ecossistemas e os processos ecológicos em zona de contato entre o Cerrado e a Mata Atlântica, de grande relevância ambiental. Em sua área, foram registradas 263 espécies nativas, sete das quais em risco de extinção, como catuaba, jacarandá-paulista, cedro-rosa e sassafrazinho. Associado a essa vegetação há 143 espécies de vertebrados, incluindo aves e mamíferos, cinco dos quais ameaçados de extinção: tamanduá-bandeira, jaguatirica, onça-parda, lobo-guará, gato-do-mato-pequeno. Dentre as aves, algumas espécies – irré, tesourinha, caneleiro-preto, juruviara, andorinha-do-campo e bigodinho – são migratórias e se dirigem para o Brasil Central ou Amazônia durante a estação seca. Destaca-se ainda a presença da Capela Bom Senhor do Jesus e do Antigo Cemitério na porção sul da unidade, que têm grande relevância para a população local, fomentando o turismo histórico e religioso, com a ocorrência de festas populares.