A Estação Ecológica de Jataí preserva uma amostra extremamente significativa de Cerrado em contato com Mata Mesófila Semidecídua. Sua geomorfologia define um número acentuado de habitats, desde áreas montanhosas até parte de uma planície de inundação com várias lagoas marginais, possibilitando a ocorrência de diversidade de espécies adaptadas a esses diferentes tipos ecossistêmicos e de processos ecológicos que os mantêm. Os levantamentos de fauna realizados na UC para elaboração do Plano de Manejo atestam registros de espécies ameaçadas de extinção no estado de São Paulo, entre elas quatro vegetais: sucupira-preto, perinha-do-campo, palmito-juçara e xaxim; oito mamíferos, incluindo o tamanduá-bandeira, o bugio, o lobo-guará, a onça-parda, a jaguatirica, o rato-do-mato, veado-mateiro, o cervo-do-pantanal; 19 aves incluindo o jaó, a mexeriqueira, o maracanã-nobre, o beija-flor-safira, a guaracava-de-topete, o azulão-verdadeiro, o batuqueiro; quatro peixes: o guarú-listrado-do-cerrado, o pacu-prata, o trairão e bagrinho-de-emas; e um réptil, o lagarto-de-rabo-azul.