A Estação Ecológica da Juréia-Itatins possui 84.425 hectares e caracteriza-se como um dos trechos mais bem protegidos e preservados de Mata Atlântica do Brasil, que possui uma flora e fauna bastante diversificada, com grande número de espécies raras e várias endêmicas regionalmente. Dentre essas espécies, algumas foram catalogadas e registradas pela primeira vez no estado, como o antúrio-da-jureia (Anthurium jureianum) e a begônia-da-jureia (Begonia jureiensis).
O território é banhado por rios que são formados nas serras e morros da estação e que dominam grande parte da planície costeira. As principais bacias formadas são a do Rio Verde, do Una do Prelado e do Guaraú.
A EEJI é um dos últimos locais de São Paulo que abriga praias arenosas, costões rochosos, manguezais, matas de restinga e florestas de baixada, de encosta e de altitude; além de ser também uma das poucas áreas remanescentes a abrigar uma rica e diversificada fauna, com presença de algumas espécies endêmicas e de espécies migratórias.