A Estação Ecológica do Noroeste Paulista abriga amostras de dois importantes biomas brasileiros: a Mata Atlântica e o Cerrado. O estudo da flora detectou 305 espécies de 79 famílias e cinco espécies vulneráveis à extinção: periquiteira, canela, jequibá-rosa, cedro-rosa e agrião-d’água. No estudo da fauna de mamíferos e aves, 19 espécies estão ‘ameaçadas’ de extinção e 19 ‘quase ameaçadas’, o que demonstra o valor da existência dessa unidade conservação. As ‘ameaçadas’ são catita, tamanduá-bandeira, bugio-preto, morcego-vampiro, jaguatirica, gato-do-mato, gato-maracajá, onça-parda, raposa-do-campo, lobo-guará, veado-mateiro, perdiz, udude-coroa-azul, tuiuiú, rolinha-de-asa-canela, araçari-castanho, chorozinho-de-bico-comprido, suiriri-cinzento e uirapuru-laranja. As ‘quase ameaçadas’ são cinco espécies de cuícas, três espécies de catitas, lontra, duas espécies de rato-do-mato, paca, marreca-de-bico-roxo, cabeça-seca, papagaio-verdadeiro, cabeçudo, caneleiro, soldadinho e andorinha-azul.