A Floresta Estadual de Paranapanema da qual a Estação Ecológica foi desmembrada, tem origem em 1962. Nessa Floresta, que totalizava 2.182,84 ha, foram desenvolvidos trabalhos de pesquisas e reflorestamento. Em 1965, teve início o plantio de aproximadamente um milhão de mudas de pínus. r
Em 1993, com a criação Estação Ecológica de Paranapanema, a área da floresta foi 1.547,60 ha. Nos últimos anos, alguns talhões de pínus foram erradicados gradativamente, favorecendo uma vigorosa regeneração natural de vegetação de mata semidecídua. r
São destaque da flora, espécies como carrapateira, peroba-rosa, araribá, pindaíba, falsa-congonheira, unha-de-vaca, embirinha, mutambo, pau-marfim, juçara, cabreúva-vermelha, peperômia, jacarandá-paulista, cedro-rosa, canjerana, figueira, guabiju. Na fauna, tamanduá-bandeira, capivara, cateto, paca, serelepe, cachorro-do-mato, gato-do-mato, jaguatirica, onça-parda, quati, lontra, tatu-peba, gavião-carijó, juriti, curiango, choquinha-lisa, viuvinha, traíra, lambari, acará.