Semelhante ao Núcleo Guapiruvu, a criação do Núcleo Quilombo tem entre seus objetivos a proteção de áreas situadas no Vale do Ribeira. A ameaça à conservação da biodiversidade da região está relacionada à extração clandestina do palmito-juçara e à caça predatória. Algumas picadas são utilizadas por infratores para cruzarem o planalto e adentrarem no Parque, e vice-versa, interligando com a região do médio Ribeira de Iguape, municípios de Eldorado e Sete Barras, nas proximidades dos núcleos do Quilombo e do Guapiruvu e do Parque Carlos Botelho. A implantação de trilhas contribui para o processo de conservação da unidade, atraindo o público visitante e, principalmente, o envolvimento das comunidades do entorno. Bom exemplo da iniciativa é a Trilha da Cachoeira do Quilombo, localizada na divisa dos Parques Intervales e Carlos Botelho, oferecendo um cenário contemplativo e de apreciação de espécies típicas da Mata Atlântica, como bromélias, samambaiaçus e orquídeas, além das quedas-d’água.