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Criada em 1984, abrange uma área de 489.000 hectares, situada ao sul do estado, no trecho que recebe o nome de Serra do Paranapiacaba, na região do Vale do Ribeira.
A área coberta pela Mata Atlântica, que constitui boa parte da APA e é responsável pela grande diversidade de espécies vegetais e animais ali encontrados, notadamente as que são peculiares somente a essa região, chamadas endêmicas e ameaçadas de extinção, como a onça-pintada e o mono-carvoeiro.
É a maior APA do estado, abrangendo um grande número de municípios e sua posição é estratégica como elo de continuidade entre as áreas protegidas pelo Parque Estadual da Serra do Mar e outras unidades do Vale do Ribeira.
Essa região, por estar protegida naturalmente pelo seu relevo de difícil acesso, abriga o último remanescente preservado da biota de São Paulo e região Centro-Sul do país. O tombamento da Serra do Mar, em 1986, constituiu um reforço à sua proteção, assim como o decreto da UNESCO, classificando-a de Reserva da Biosfera.