Criado em 2010, o Núcleo Bertioga é considerado o trecho litorâneo paulista mais preservado de Mata Atlântica na atualidade. Seu território inicialmente fazia parte do Núcleo Itutinga-Pilões, formando uma extensão muito grande e de difícil gestão. Com o desmembramento, a área passou a abranger parte dos municípios de Bertioga e Biritiba Mirim. Em sua adjacência, encontra-se o Parque Estadual da Restinga de Bertioga, unidade de conservação criada no mesmo ano e sob a mesma gestão, que abriga rica diversidade de ambientes (dunas, praias, rios, florestas, mangues) e uma variada vegetação de restinga, na qual vivem animais raros e ameaçados de extinção. Os parques formam um corredor ecológico, garantindo a proteção da biodiversidade, desde o ambiente marinho, até os pontos mais altos da Serra do Mar. As unidades possuem duas trilhas oficiais: Guaratuba e a Trilha d’Água. Em ambas, com acompanhamento obrigatório de monitores credenciados, é possível mergulhar em águas cristalinas e geladas.