A APA está localizada em uma região antes configurada como uma unidade de proteção integral – o Parque Estadual Jacupiranga. Em 2008, foi instituído o Mosaico de Unidades de Conservação do Jacupiranga (MOJAC), dividindo o parque em 14 unidades de conservação, com outras categorias (parques, APAs, RDS e RESEXs), entre as quais, a APA do Rio Pardinho e Rio Vermelho, unidade de uso sustentável. Isso deu outro ordenamento territorial, que possibilitou às comunidades tradicionais realizarem o manejo sustentável dentro dos limites das unidades. Na APA, estão presentes sitiantes caipiras, que vivem em pequenas propriedades e que desenvolvem atividades extrativistas, – retirada de mel, cultivos de pequenas áreas, criação de animais ou artesanato, para subsistência das famílias. A criação da APA facilitou a integração entre comunidades e órgãos ambientais, que resultaram no comprometimento das partes na gestão ambiental do território, preservando recursos naturais e aumentando a biodiversidade.