Criada em 1987, está localizada na planície litorânea, no sul paulista, a Ilha Comprida é uma barreira constituída por uma estreita restinga pertencente ao Complexo Estuarino-Lagunar de Cananeia/Iguape/Paranaguá, a poucos metros de altura acima do nível do mar, com cerca de 70 km de comprimento por 3 km de largura. Protege um dos últimos complexos de ecossistemas preservados do litoral brasileiro, cuja importância é essencial como viveiro natural de espécies marinhas e terrestres do Atlântico Sul e também como base de apoio utilizada por mais de trinta espécies de aves migratórias. É possível avistar guarás-vermelhos, irerês, garças-brancas, garças-azuis, papagaios-de-cara-roxa, atobás, saracuras e irerês. A APA Ilha Comprida é constituída por ambientes de mata de restinga, dunas, praias e manguezais. Por causa da importância desses ecossistemas, a APA integra a Reserva da Biosfera da Mata Atlântica e reconhecida como Sítio do Patrimônio Mundial Natural, títulos concedidos pela UNESCO.