Criada em 2002, protege uma área de grande relevância como ecossistema natural. Os perímetros da APA correspondem a uma vasta planície aluvial, formada por sedimentos transportados pelo rio Paraíba do Sul, onde estão presentes muitos meandros abandonados e terraços (resquícios de uma antiga atividade agrícola), compondo um cenário de rara beleza e totalmente integrado à paisagem urbana central de São José dos Campos. A APA do Banhado situa-se em áreas de várzea até a linha de 555 metros de altitude e abriga a porção do território tradicionalmente chamada de Concha do Banhado. É composta por terrenos arenosos e formados por turfa (produto da decomposição parcial, de forma natural, de restos de plantas em terrenos alagadiços), sendo local de abrigo de importantes espécies de aves. Segundo a história popular, o nome é devido às cheias periódicas, que alagavam a planície do rio Paraíba do Sul, em especial, durante o verão. O local ficava “banhado” de água, se transformava num mar joseense.