Criada em 2008, abrange os ecossistemas costeiros e marinhos dos 8 municípios litorâneos da Região Metropolitana da Baixada Santista: Bertioga, Guarujá, Santos, São Vicente, Praia Grande, Mongaguá, Itanhaém e Peruíbe. É a segunda maior unidade de conservação marinha do Brasil e a primeira maior do estado de São Paulo e integra a Reserva da Biosfera do Cinturão Verde de São Paulo (RBCV). A unidade concentra uma variedade de ecossistemas que abrigam uma rica biodiversidade considerando uma gama de espécies em status criticamente em perigo; espécies migratórias e de mar aberto, que utilizam os ambientes em alguma fase da vida. São 6 manguezais, 67 praias arenosas, 85 km de costões rochosos, 5 geossítios identificados; 30 ilhas e lajes emersas, 10 corpos submersos e o recife de coral localizado mais ao sul do Atlântico, na Ilha da Queimada Grande. Destacam-se ainda as Áreas de Manejo Especial - AMEs da Laje da Conceição, Ilha da Moela e Ponta da Armação, que abriga a comunidade tradicional caiçara da Prainha Branca. Diversas são as funções sociais desenvolvidas na APAMLC como: turismo de praia u0026 sol, turismo náutico, esporte náutico, pesquisas, pesca amadora, pesca artesanal, pesca industrial, mergulho recreativo e lazer entre outros.
A APAMLC complementa a proteção de outras unidades de conservação de proteção integral: PE Xixová Japuí; PE Restinga de Bertioga; PE Marinho Laje de Santos; ESEC dos Tupiniquins; ARIE Ilhas da Queimada Pequena e Queimada Grande; RVS Ilhas do Abrigo e Guararitama; PE do Itinguçu e e daquelas categorizadas como sendo de Uso Sustentável: APA municipal Serra do Guararu e RDS Barra do Una.