O Núcleo Padre Dória foi criado, em 2014, com áreas que pertenciam aos Núcleos São Sebastião, Bertioga e Caraguatatuba. Por causa da importância histórica, cultural e ambiental da região, as áreas foram desmembradas para a formação de um núcleo no planalto com a finalidade de facilitar a gestão e garantir a proteção da flora, da fauna e das belezas naturais, bem como permitir sua utilização voltada a objetivos educacionais, recreativos e científicos. O nome do Núcleo é uma homenagem ao Padre Manoel de Faria Dória, fundador da cidade de Salesópolis e responsável pela construção da Estrada Dória, que ligava as regiões do Vale do Paraíba ao Litoral Norte. Em 2018, foi registrada pela segunda vez, depois de 197 anos, a presença do pato-mergulhão na área do Núcleo. Sensível a impactos ambientais, o pato-mergulhão requer um habitat muito específico para viver. Qualquer alteração hidrológica, como poluição e supressão de vegetação ciliar, pode inviabilizar a sobrevivência da espécie no local.