O território da APA Marinha Litoral Norte - APAMLN tem enorme relevância ecológica. Concentra uma variedade de ecossistemas que, integrados, abrigam uma rica e diversa biota; e interagem com espécies migratórias e de mar aberto, que utilizam o ambiente em alguma fase da vida. A APAMLN e as APAs Marinhas do Litoral Centro e do Litoral Sul protegem, juntas, quase metade do mar territorial paulista. Sua área contempla ecossistemas costeiros como: praias, costões rochosos, marismas, estuários, ambientes bentônicos do infralitoral (plataforma interna), e, no bioma Mata Atlântica: manguezais, restingas e floresta ombrófila densa, incluindo ambientes insulares, compostos pelas ilhas, ilhotes e lajes. Está dividida em três setores: Cunhambebe, entre Ubatuba e Caraguatatuba, envolvendo o PE de Ilha Anchieta; Maembipe, em Ilhabela, envolvendo o Parque Estadual de Ilhabela; Ypautiba, ao longo da costa de São Sebastião, limítrofe à área de exclusão de pesca do entorno do arquipélago de Alcatrazes.