A unidade foi criada em 2008, com o objetivo de proteger, ordenar, garantir e disciplinar o uso racional dos recursos ambientais, de modo a promover o desenvolvimento sustentável da região. Compreende os municípios de Cananeia, Ilha Comprida e Iguape, estendendo-se desde a divisa entre os estados de São Paulo e Paraná (limite sul), até a divisa entre Iguape e Peruíbe (limite norte), abrangendo as praias, os costões rochosos e as ilhas existentes entre a faixa da preamar máxima (maré mais alta), até os 25 metros de profundidade. A APA Marinha Litoral Sul forma um contínuo de ecossistemas marinhos e costeiros, povoado por plantas e animais endêmicos, junto ao Complexo Estuarino Lagunar de Cananeia-Iguape-Paranaguá, conhecido como Lagamar. As condições naturais da região determinam flora e fauna aquáticas ricas, resultando em altos índices de biodiversidade e em fartos estoques pesqueiros, o que a torna uma das áreas mais importantes em termos de produção pesqueira no estado de São Paulo.