A ARIE-ZVS de Ilha Comprida, criada em 1989, está inserida na APA de Ilha Comprida. Sua área é destinada à proteção de ecossistemas litorâneos como a mata de restinga, as dunas, as praias e os manguezais. É também de extrema importância ecológica, abrigando diversas espécies marinhas e terrestres no Atlântico Sul. São cerca de 70 espécies de mamíferos, 60 de anfíbios e 50 de répteis. São mais de 340 de aves, cerca de 50 endêmicas e 40 de aves migratórias. Foram registradas na região animais ameaçados como maria-da-restinga, papagaio-da-cara-roxa, figuinha-do-mangue, jacaré-do-papo-amarelo, jaguatirica, onça-parda e tartarugas marinhas, como a tartaruga-verde e a tartaruga-de-couro. E ainda podem ser avistadas aves como trinta-réis, guarás, atobás, fragatas, arapongas, gaivotas, e cetáceos como baleias e toninhas. A ARIE destaca-se também pela existência de acervo arqueológico constituído por mais de 30 sambaquis. O mais antigo sambaqui encontrado na Ilha Comprida data de 3.000 anos AP.