Ocupando terras do município de Assis, na região sudoeste do estado, dentro da bacia do Médio Paranapanema, a Estação Ecológica de Assis corresponde a 10% de áreas de cerrado protegidas em unidades de conservação (e a única na região) de São Paulo. Adquire ainda mais relevância por ser uma área de transição com o bioma Mata Atlântica. Já foram registradas mais de 500 espécies vegetais nativas, algumas ameaçadas como sucupira-preto, perinha-do- campo e ipê-felpudo. Quanto à fauna, são mais de: 20 espécies de mamíferos de médio e grande porte, 100 de aves, 140 de anfíbios, 220 de répteis. Entre esses animais estão ameaçados jaguatirica, onça-parda, gato-maracajá, perdiz, pomba-pedrês. Para a cidade de Assis, agrega-se ainda a importância da unidade ao proteger as nascentes do manancial de abastecimento público. A raridade de áreas naturais públicas faz com que a estação seja essencial como espaço adequado para Educação Ambiental por meio do contato direto com ecossistemas bem conservados.