A Floresta Estadual de Pederneiras foi criada com objetivos de proteção, conservação e manejo de todo o complexo florestal e ambiental ali existente. Possui diversos atributos naturais como biodiversidade regional de fauna e flora abrigadas em seus domínios; corredores de fluxo gênico nos ecossistemas terrestres e nos ecossistemas aquáticos; recursos hídricos na forma de quatro nascentes, quatro cursos-d’água e cinco pequenos açudes; e bancos de germoplasma de espécies vegetais nativas e de espécies exóticas, presentes na forma de experimentos de conservação genética ex situ.
Trata-se de uma área relevante no contexto regional por abrigar remanescentes de mata atlântica em região de transição com cerrado e pelas possibilidades de conservação, pesquisa e uso sustentável dos recursos naturais. A FEP também possui paisagens de beleza cênica e de importância histórico cultural, com potencial para o desenvolvimento de atividades educativas, recreativas e esportivas.