Localizado no extremo norte do Parque Estadual, o Núcleo Cunha protege importante remanescente de matas nebulares, a mais de mil metros de altitude, com árvores de grande porte como cedro, peroba, maçaranduba, araucária, canela, ipê, que abrigam bromélias, orquídeas, samambaias, liquens e lianas.
Suas florestas preservam importantes mananciais para o abastecimento de água das cidades do Vale do Paraíba e até mesmo do Rio de Janeiro. Em seu território encontram-se as áreas de maior biodiversidade do Parque.
As florestas de altitude abrigam muitas espécies exclusivas em risco de extinção, como o sagui-da-serra-escuro, o mono-carvoeiro e o sauá, e aves como o macuco, jacutinga, saudade, cuiú-cuiú, negrinho-do-mato, pavó, gavião-de-penacho e pomba pararu.
O relevo acidentado favorece a formação de cachoeiras, especialmente nos rios Bonito, Ipiranga e Paraibuna, tornando este núcleo de especial interesse para a prática do ecoturismo.