Localizado no extremo norte do Parque Estadual, o Núcleo Cunha protege importante remanescente de matas nebulares, a mais de mil metros de altitude, com árvores de grande porte como cedro, peroba, maçaranduba, araucária, canela, ipê, que abrigam bromélias, orquídeas, samambaias, liquens e lianas. Suas florestas preservam importantes mananciais para o abastecimento de água das cidades do Vale do Paraíba e até mesmo do Rio de Janeiro. O relevo acidentado favorece a formação de cachoeiras especialmente nos rios Bonito, Ipiranga e Paraibuna, tornando este núcleo de especial interesse para a prática do ecoturismo. As florestas de altitude abrigam muitas espécies exclusivas em risco de extinção, como o sagui-da-serra-escuro, o mono-carvoeiro e o sauá. Foram registradas no núcleo mais de 240 espécies de aves, algumas ameaçadas, como macuco, jacutinga, saudade, cuiú-cuiú, negrinho-do-mato, pavó, gavião-de-penacho e pomba-pararu. Podem ser vistas ainda inhambu-chororó e tovaca-do-rabo-vermelho.