A APA Corumbataí, Botucatu e Tejupá, conhecida também de APA das Cuestas, foi criada em 1983 e abrange porções de 33 municípios. Está dividida em três "perímetros", independentes: a APA Corumbataí, a APA Botucatu e a APA Tejupá. Esse conjunto visa proteger as Cuestas Basálticas, formações de relevo compostas por rochas vulcânicas, os Morros Testemunhos, colinas de topos planos situados em cuestas, os exemplares significativos da flora e da fauna regional, o Aquífero Guarani e o patrimônio cultural da região. No território da APA, ocorrem biomas de mata atlântica e cerrado. No perímetro de Botucatu, foram registradas cerca de 400 espécies de vertebrados, das quais, mais de 200 são aves, sendo várias espécies endêmicas e outras ameaçadas de extinção. Entre espécies ameaçadas encontram-se lobos-guarás, onças-pintadas, muriquis, saguis-da-serra-escuros, micos-leões-pretos. Entre as aves, encontram-se azulões, caneleiros, choquinhas, colhereiros, maçaricos, macucos, patos, chopins e saíras.