A APA Ibitinga se destaca pelas áreas alagadas, conhecidas como “Pantaninho” (várzea do rio Jacaré-Pepira) e “Varjão” (várzea do rio Jacaré-Guaçu), onde existem importantes remanescentes de vegetação em estágio avançado de regeneração. São várias formações florestais como: floresta estacional semidecidual, floresta de brejo ou paludosa, mata ciliar e manchas de cerrado, vegetação de porte médio com troncos grossos e tortuosos como barbatimão, ipê-amarelo-do-cerrado e angico. Muitas espécies nativas da fauna são encontradas na APA Ibitinga. Mamíferos como lobo-guará, gato-do-mato, jaguatirica, jagurundi, veado-mateiro, onça-parda, tamanduás mirim e bandeira, macaco-prego, bugio ruivo, mão-pelada e anta foram apontados na região. Sem esquecer das grandes sucuris, “rainhas” dos rios da APA, do jacaré-do-papo-amarelo, das aves como biguás, tuiuiús, cabeças-secas, colhereiros, martins-pescadores. E das espécies de peixes como piapara, curimbatá, mandijuba, piau-de-três-pintas entre outros.