O Núcleo Caboclos foi o primeiro a ser implantado no PETAR e já era administrado pelo Instituto Geológico antes mesmo da decretação do Parque. Possui grande potencial para o ecoturismo e para a pesquisa, sendo o único local do Parque que possui área para camping. O carste do Alto Ribeira começou a ser descoberto pela ciência por meio de Ricardo Krone, naturalista que no princípio dos anos 1900 investigou várias cavernas no Alto Ribeira em busca de material paleontológico, arqueológico e informações etnográficas. Em seus relatos, descreveu a descoberta de 41 cavernas e o achado de ossadas da megafauna pleistocênica, ressaltando a vocação turística e a beleza natural da região. Da expedição de Krone, resultou uma primeira iniciativa de preservar algumas cavernas na atual região do Núcleo Caboclos, com a desapropriação, em 1910, das áreas que envolviam as cavernas Pescaria, Monjolinho, Arataca e Chapéu. As atividades de uso público se deram no Núcleo Caboclos ainda no final dos anos 1950.